Chercheur contractuel - Laboratoire SMBP (Spectrométrie de Masse Biologique et Protéomique)

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Présentation de l’École Supérieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris

L’ESPCI Paris – PSL (École Supérieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris) est une école d’ingénieurs généraliste qui forme, depuis 1882, des ingénieurs de rupture, adaptables et créatifs, dotés d’un solide
bagage théorique et expérimental, conscients des enjeux de la société.

Elle est intégrée à un centre de recherche reconnu internationalement en physique, chimie et biologie (500 publications par an). Elle est connue pour sa capacité à transformer les connaissances issues de la recherche fondamentale en innovations de rupture (2 brevets par mois, 3 start-ups par an).

Distinguée par 6 Prix Nobel, elle accueille 400 élèves-ingénieurs, 530 chercheurs (dont 250 doctorants et 100 post-
doctorants) dans 10 unités mixtes de recherche et environ 100 agents des fonctions support de la recherche et de l’enseignement.

Depuis sa création, l’ESPCI n’a cessé de mobiliser ses forces et compétences au service de sujets sociétaux majeurs et de défendre l’importance de la science au service de la société. L’environnement, la solidarité, la santé, l’accès et l’ouverture au savoir sont des enjeux que l’ESPCI s’est engagée à prendre en compte dans son quotidien tout en contribuant à les faire avancer. L’ESPCI défend l’égalité des chances et promeut la diversité sociale. Elle encourage et valorise l’engagement, notamment associatif, de ses étudiants.

Notre établissement fait partie de l’Université Paris Sciences & Lettres. Numéro 1 du classement mondial des jeunes universités publié par le Times Higher Education, PSL figure aussi dans le top 50 des meilleures universités mondiales (Shanghai, Times Higher Education, QS, CWUR).
L’ESPCI est engagée dans un vaste projet de rénovation de son campus parisien qui fera d’elle un des sites scientifiques les plus modernes de Paris.

Rattachement du poste

Encadrement : Joelle VINH & Yann VERDIER
Description du laboratoire SMBP (Spectrométrie de Masse Biologique et Protéomique), LPC CNRS-UMR8249 –
ESPCI Paris

Le laboratoire SMBP de l’ESPCI Paris est un groupe de recherche de premier plan dédié au développement de
stratégies analytiques innovantes pour l’étude des macromolécules biologiques, en particulier les protéines. Leur
expertise réside dans la protéomique, avec une plateforme reconnue au niveau national équipée d’instruments de
spectrométrie de masse haute résolution et de nanochromatographie.

Si vous êtes une personne très motivée avec d’excellentes compétences en communication et en organisation, et une passion pour la recherche scientifique, ce poste vous offre une opportunité unique de contribuer à un réseau
scientifique dynamique au sein du laboratoire SMBP. Website : www.smbp.espci.fr

Missions et responsabilités : Chargé de projet

Il s’agit d’une opportunité passionnante d’être le premier point de contact pour un réseau scientifique collaboratif au sein du Laboratoire SMBP (Spectrométrie de masse biologique et protéomique).

Responsabilités :

• Agir en tant que personne-ressource principale au sein du laboratoire pour la gestion et le suivi des projets
scientifiques collaboratifs au sein du réseau européen.
• Faciliter la communication entre le laboratoire SMBP et les collaborateurs du réseau.
• Suivre l’avancement des projets et veiller à la réalisation des livrables dans les délais impartis.
• Assurer la liaison avec les chercheurs et le personnel de soutien pour que les activités du projet soient alignées.
Avantages :
• Jouer un rôle clé dans un réseau scientifique collaboratif à la pointe de la recherche protéomique.
• Travailler avec des équipements de pointe dans un laboratoire ultramoderne.
• Acquérir une expérience précieuse en gestion de projet et en communication scientifique.

Description du projet
L’intégration de la multi-omiques et du Big Data peut permettre de déchiffrer le mode d’action des médicaments et
d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles, ainsi que des biomarqueurs diagnostiques ou théranostiques associés. La maladie d’Alzheimer (MA) se caractérise par des processus neuropathologiques complexes impliquant le dépôt d’amyloïde, la dégénérescence neurofibrillaire, l’astrogliose et la neuroinflammation.

On pense que les peptides Aβ et les protéines Tau, composants respectifs des plaques amyloïdes et des dégénérescences neurofibrillaires, se propagent selon un processus de type prion des zones touchées vers des régions cérébrales interconnectées. Le développement de médicaments devrait idéalement cibler l’ensemble du spectre de la physiopathologie de la MA plutôt que chaque processus séparément.

Nous pensons que l’agrégation des protéines et ses effets néfastes sur la neuroinflammation et la cognition peuvent être ciblés simultanément en rétablissant l’homéostasie cellulaire/synaptique sans cibler spécifiquement les peptides Aβ et les protéines Tau agrégées et associées à la maladie. Grâce à un criblage phénotypique de médicaments, nos laboratoires ont développé cinq familles différentes de petits médicaments à action anti-MA. Le candidat-médicament Ezeprogind (AZP2006), qui réprime la production d’Aβ1-x et module l’autophagie, a terminé avec succès un essai clinique de phase IIa contre la paralysie supranucléaire progressive. Trois autres composés principaux atténuent in vivo les pathologies amyloïdes et Tau, l’inflammation et les déficits cognitifs, ce qui constitue un nouveau paradigme de modification de la maladie.

Sur la base de solides résultats préliminaires, notre consortium européen regroupant des experts dans les domaines de la MA, de la chimie, de la propagation de type prion, de la neuroinflammation, de la gestion et de l’analyse du Big Data, et du développement de biomarqueurs, poursuivra une approche innovante pour identifier les voies moléculaires pouvant être ciblées pour l’intervention thérapeutique. Une combinaison de stratégies basées sur la chimie bioorthogonale, la chimiprotéomique et des tests cellulaires permettra de caractériser la ou les cibles cellulaires du médicament.

La caractérisation du mode d’action sera réalisée par séquençage profond, spliceomique, monocellulaire,
transcriptomique spatiale, séquençage Attac, épigénomique des miARN et empreinte des facteurs de transcription.
Nous envisageons de déchiffrer le mécanisme d’action médicament-cible qui atténue les processus lésionnels liés à la MA, y compris les processus cellulaires liés à l’ensemencement et à la propagation de type prion, les modifications de l’expression des gènes associées aux améliorations cognitives et les propriétés anti-neuroinflammatoires du médicament. Nous identifierons de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles et des biomarqueurs diagnostiques ou théranostiques grâce à des analyses intégrées de Big Data. Ce projet permettra d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques en caractérisant les modes d’action des médicaments sur le dépôt aberrant de protéines, les processus neuroinflammatoires et les bénéfices cognitifs. Les biomarqueurs, les marqueurs théranostiques et les cibles thérapeutiques potentielles issues des analyses multi-omiques du Big Data pourraient permettre le repositionnement de médicaments existants approuvés par l’EMA pour cibler la MA.

Le candidat rejoindra un consortium européen et sera plus particulièrement impliqué dans plusieurs tâches :
• Établissement de bibliothèques de sondes bifonctionnelles de médicaments et de profilage protéique basé sur
l’activité et le marquage par affinité photographique (ABPP, également appelé chimiprotéomique).
• Activité vis-à-vis de l’ensemencement de Tau et de la propagation intercellulaire des graines de Tau par des
vésicules extracellulaires, en utilisant la chimiprotéomique pour l’identification de la cible et de l’interactome
de la cible.
• Validation de la cible et du mode d’action (MOA) vis-à-vis des processus cognitifs, lésionnels et
neuroinflammatoires.
Compétences et qualités recherchées
Qualifications :
• Expérience dans un environnement de recherche scientifique (de préférence en protéomique ou
spectrométrie de masse).
• Excellentes compétences en communication et en relations interpersonnelles.
• Solides capacités d’organisation et de gestion du temps.
• Maîtrise de l’anglais (éventuellement d’autres langues européennes un plus).

Formation requise (ou diplôme) : Doctorat en chimie analytique avec une spécialisation en spectrométrie de masse
et protéomique (PhD en Chimie Analytique spécialisé en spectrométrie de masse et protéomique)
Expérience souhaitée : Une expérience postdoctorale dans un domaine similaire sera un atout certain. Un bonus sera accordé aux candidats ayant une expérience d’encadrement et d’enseignement au niveau universitaire supérieur. (Une expérience post-doctorale dans un domaine similaire constituera un atout important. Un bonus sera accordé aux candidats ayant une expérience d’encadrement et d’enseignement à un niveau universitaire de troisième cycle.)

Modalités de Recrutement
Catégorie d’emploi : Chercheur post-doctoral contractuel
Durée : 36 mois
Poste à pourvoir à compter du : 1er Septembre 2024

Contact
Les candidatures (CV, lettre de motivation) sont à transmettre par courriel à Joelle Vinh en indiquant qu’il s’agit
d’une candidature ciblée pour cette annonce publiée le 17/04/2024
Pour tout complément d’information, contactez : Joelle Vinh joelle.vinh@espci.fr

Lieu
10, Rue Vauquelin 75005 Paris
Métro ligne 7 (Place Monge/Censier Daubenton) - RER B (Luxembourg) - Bus 21, 27 & 47 - 3 Vélib’ stations à
proximité





ÉCOLE SUPÉRIEURE DE PHYSIQUE ET DE CHIMIE INDUSTRIELLES DE LA VILLE DE PARIS
10 Rue Vauquelin, 75005 Paris