Doctorat (H/F) : Modèles génératifs profonds informés par la chimie pour les ARN catalytiques

Présentation de l’École Supérieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris

L’ESPCI Paris – PSL (École Supérieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris) est une école d’ingénieurs généraliste qui forme, depuis 1882, des ingénieurs de rupture, adaptables et créatifs, dotés d’un solide bagage théorique et expérimental, conscients des enjeux de la société.

Elle est intégrée à un centre de recherche reconnu internationalement en physique, chimie et biologie (500 publications par an). Elle est connue pour sa capacité à transformer les connaissances issues de la recherche fondamentale en innovations de rupture (2 brevets par mois, 3 start-ups par an).

Distinguée par 6 Prix Nobel, elle accueille 400 élèves-ingénieurs, 530 chercheurs (dont 250 doctorants et 100 post-doctorants) dans 10 unités mixtes de recherche et environ 100 agents des fonctions support de la recherche et de l’enseignement.

Depuis sa création, l’ESPCI n’a cessé de mobiliser ses forces et compétences au service de sujets sociétaux majeurs et de défendre l’importance de la science au service de la société. L’environnement, la solidarité, la santé, l’accès et l’ouverture au savoir sont des enjeux que l’ESPCI s’est engagée à prendre en compte dans son quotidien tout en contribuant à les faire avancer. L’ESPCI défend l’égalité des chances et promeut la diversité sociale. Elle encourage et valorise l’engagement, notamment associatif, de ses étudiants.

Notre établissement fait partie de l’Université Paris Sciences & Lettres. Numéro 1 du classement mondial des jeunes universités publié par le Times Higher Education, PSL figure aussi dans le top 50 des meilleures universités mondiales (Shanghai, Times Higher Education, QS, CWUR).
L’ESPCI est engagée dans un vaste projet de rénovation de son campus parisien qui fera d’elle un des sites scientifiques les plus modernes de Paris.

Rattachement du poste
La recherche sera hébergée dans le Laboratoire Biophysique et Evolution (www.lbe.espci.fr, dir. Philippe Nghe) qui fait partie de l’unité Chimie Biologie Innovation.

Missions et responsabilités
Projet : Les ARN catalytiques sont des éléments clés de nombreuses fonctions biologiques, mais leur conception rationnelle reste limitée par le manque de compréhension du lien entre séquence et fonction. Contrairement aux protéines, peu de données structurales sont disponibles sur les sites catalytiques des ARN, ce qui freine l’application des modèles d’apprentissage profond performants dans d’autres contextes. Des approches hybrides combinant biophysique et apprentissage automatique ont montré un potentiel, mais restent insuffisantes pour décrire les détails atomiques nécessaires à la catalyse.
Ce projet vise à dépasser ces limitations en intégrant modélisation, mesures expérimentales à haut débit, et contraintes physico-chimiques dans des architectures modernes d’apprentissage profond. L’objectif est de concevoir des ARN catalytiques avec une activité renforcée et une diversité accrue, en tirant parti de données expérimentales hétérogènes et de modèles contraints par la chimie. À terme, ce travail ouvrira de nouvelles voies pour la création d’ARN fonctionnels dans les domaines de la biologie synthétique, de la thérapeutique et de la biotechnologie.

Profil
Formation requise (ou diplôme) : Diplôme de Master

Expérience souhaitée : Nous recherchons un-e doctorant-e très motivé-e pour travailler sur l’origine de la vie et la conception d’ARN. Les conditions requises sont un master en bioinformatique, biophysique, ou informatique.

Modalités de Recrutement
Catégorie : A
Filière : Science
Corps :
Le poste est à pourvoir :
● par voie contractuelle pour une durée de trois ans.
Les candidatures de personnes disposant de la RQTH sont encouragées.
Poste à pourvoir à compter du : 01/06/2025

Contact
Les candidatures (CV, lettre de motivation) sont à transmettre par courriel à :
Pour tout complément d’informations, contacter : Vaitea Opuu :

Lieu
10, Rue Vauquelin et 6 rue Jean Calvin 75005 Paris
Métro ligne 7 (Place Monge/Censier Daubenton) - RER B (Luxembourg) - Bus 21, 27 & 47 - 3 Vélib’ stations à proximité.