Post-Doc : Proposition de thèse de doctorat Algorithmes déterministes et apprentissage automatique pour la bio-rhéologie par holographie Doppler de la rétine

Présentation de l’École Supérieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris

L’ESPCI Paris – PSL (École Supérieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris) est une école d’ingénieurs généraliste qui forme, depuis 1882, des ingénieurs de rupture, adaptables et créatifs, dotés d’un solide bagage théorique et expérimental, conscients des enjeux de la société.

Elle est intégrée à un centre de recherche reconnu internationalement en physique, chimie et biologie (500 publications par an). Elle est connue pour sa capacité à transformer les connaissances issues de la recherche fondamentale en innovations de rupture (2 brevets par mois, 3 start-ups par an).

Distinguée par 6 Prix Nobel, elle accueille 400 élèves-ingénieurs, 530 chercheurs (dont 250 doctorants et 100 post-doctorants) dans 10 unités mixtes de recherche et environ 100 agents des fonctions support de la recherche et de l’enseignement.

Depuis sa création, l’ESPCI n’a cessé de mobiliser ses forces et compétences au service de sujets sociétaux majeurs et de défendre l’importance de la science au service de la société. L’environnement, la solidarité, la santé, l’accès et l’ouverture au savoir sont des enjeux que l’ESPCI s’est engagée à prendre en compte dans son quotidien tout en contribuant à les faire avancer. L’ESPCI défend l’égalité des chances et promeut la diversité sociale. Elle encourage et valorise l’engagement, notamment associatif, de ses étudiants.

Notre établissement fait partie de l’Université Paris Sciences & Lettres. Numéro 1 du classement mondial des jeunes universités publié par le Times Higher Education, PSL figure aussi dans le top 50 des meilleures universités mondiales (Shanghai, Times Higher Education, QS, CWUR).

L’ESPCI est engagée dans un vaste projet de rénovation de son campus parisien qui fera d’elle un des sites scientifiques les plus modernes de Paris.

Rattachement du poste

Rattachement hiérarchique, positionnement et environnement du poste (description du service)

La thèse s’inscrit dans la thématique “Imagerie pour la biologie et la santé (IBS)” de l’institut Langevin. Les chercheurs de l’Institut se donnent pour objectif de comprendre les mécanismes de propagation de ces différents types d’ondes dans les milieux les plus complexes et de tirer parti de cette meilleure compréhension pour concevoir des instruments originaux pour l’imagerie de ces milieux.

https://www.institut-langevin.espci...

Le candidat aura également l’opportunité de contribuer à des projets d’holographie en temps réel, en particulier dans le domaine de l’ophtalmologie, au sein des hôpitaux partenaires tels que les Quinze-Vingts et la Fondation Ophtalmologique Rothschild à Paris. Le parcours doctoral explorera, entre autres, l’utilisation du machine learning pour affiner les estimations rhéologiques et développer de nouvelles approches statistiques basées sur les données récoltées.

Environnement hiérarchique

Responsable : M. Michael Atlan, Institut Langevin

Missions et responsabilités

Contexte :

L’Institut Langevin de l’ESPCI Paris - PSL a innové en créant les premiers équipements d’imagerie holographique clinique en temps réel à très haut débit, désormais en phase de transfert technologique vers l’industrie et le secteur médical, initiant un progrès significatif dans l’imagerie optique computationnelle en médecine, comparable à l’IRM, la tomographie aux rayons X et l’échographie. L’imagerie Doppler holographique en ophtalmologie est un champ interdisciplinaire prometteur, mêlant conception d’imagerie optique et recherche clinique, avec un fort soutien au développement logiciel open source (https://github.com/DigitalHolography).

Mission :

Sonder l’activité fonctionnelle de la rétine de manière non invasive offrirait une fenêtre encore très peu exploitée pour la médecine, que nous proposons d’investiguer via une thèse en imagerie computationnelle holographique sur caméra qui débouchera sur le développement et la production de dispositifs d’imagerie médicale. L’objectif est de construire et valider des biomarqueurs fonctionnels quantitatifs pour des pathologies oculaires présentant un retentissement vasculaire, puis à terme, de conditions cardio-vasculaires systémiques. Dans la continuité de preuves de principe établies, des évaluations quantitatives détaillées incluront les signaux Doppler des vaisseaux choroïdiens (Hz), la vitesse du flux sanguin rétinien (mm/s), le débit sanguin (µL/min) et l’indice de résistivité hémodynamique des artères rétiniennes, similaires aux mesures obtenues par Doppler ultrasonore (0-1). Des évaluations supplémentaires porteront sur l’élasticité de la paroi artérielle (module de Young, mmHg) via la vitesse de l’onde de pouls (cm/s), et la viscosité dynamique du sang dérivée des profils de vitesse à travers les sections transversales des artères rétiniennes (cP). Ces données exhaustives seront générées systématiquement pour chaque patient imagé avec une caméra hors ligne cadencée à une fréquence de 67 kHz (Ametek Phantom V2012), utilisant une analyse logicielle utilisant des algorithmes déterministes pour une estimation des paramètres basée sur des modèles physiques simples. Ces estimations à partir des images provenant de caméras à haute fréquence nécessitent un temps de calcul important. L’intégration de réseaux neuronaux, entraînés à partir de ces estimations quantitatives, est envisagée pour améliorer l’analyse des données vidéo à haute vitesse, afin de permettre des évaluations plus rapides et plus fiables des candidats biomarqueurs par inférence statistique. Des mesures concomitantes par une caméra en streaming en temps réel cadencée à 20 kHz (Ametek Phantom S711) pourront aussi être exploitées pour l’estimation des biomarqueurs.

Profil :

Connaissances et qualités recherchées :
• Anglais courant.
• Un intérêt prononcé pour l’environnement scientifique
• D’excellentes qualités relationnelles
• De bonnes qualités rédactionnelles
• Polyvalence, autonomie, sens de l’organisation
• Disponibilité, sens de l’écoute
• Esprit de synthèse et d’analyse
• Capacité à prendre des initiatives et à gérer les priorités
• Capacité à faire preuve de réactivité face aux situations urgentes ou imprévues
• Rapidité et efficacité
Formation requise (ou diplôme) :
• Diplôme d’ingénieur
Expérience souhaitée :
• Expérience en programmation (Matlab)
Modalités de Recrutement
Catégorie : A
Filière : scientifique
Le poste est à pourvoir :
● par voie de mutation pour les agents titulaires de la Ville de Paris ;
● par voie de détachement pour les agents titulaires d’autres fonctions publiques ;
● par voie contractuelle pour une durée d’un an pour les agents non titulaires.
Les candidatures de personnes disposant de la RQTH sont encouragées.
Poste à pourvoir à compter du : 01 octobre 2024

Contact
Les candidatures (CV, lettre de motivation) sont à transmettre par courriel à michael.atlan@espci.fr.
Pour tout complément d’informations, contacter : Michael Atlan. michael.atlan@espci.fr

Lieu
10, Rue Vauquelin 75005 Paris
Métro ligne 7 (Place Monge/Censier Daubenton) - RER B (Luxembourg) - Bus 21, 27 & 47 - 3 Vélib’ stations à proximité.

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